Паталогоанатомическое отделение организована и функционирует с января 2002 года, расположена в цокольном этаже здания. Лаборатория оборудована автоматизированными аппаратами проводки тканей, окраски срезов; криогенным микротомом «Мicrom» (США) для срочных исследований, компьютеризированной системой микроскопирования «Carl Zeiss». За 10 месяцев 2002 года в лаборатории проведено около 2000 исследований биопсийного и операционного материала.